甲賀市は「こうかし」と読みます。市の名称は合併時に一般公募し、応募いただいた名称の中から最終的に「甲賀（こうか）市」とすることが合併協議会で決定されました。呼び方の「こうか」については、この地に文化を開いた鹿深臣（かふかのおみ）に由来していると考えられています。
この「鹿深（かふか）」が「かうか」、そして「こうか」と変化していったという説が代表的です。